Aby omówione w części I metody analizy kondycji finansowej przedsiębiorstwa dawały prawidłowe sygnały, czyli by wysuwane na ich podstawie wnioski niosły za sobą odpowiednie decyzje, analiza porównawcza musi stworzyć odpowiednie podstawy do analizy przyczynowej. Ady mogła zajść taka zależność informacje zawarte w analizie porównawczej powinny być pozbawione zakłóceń: inflacyjnych, organizacyjnych, metodologicznych oraz przedmiotowych.

Zakłócenia inflacyjne są skutkiem wzrostu cen w gospodarce narodowej oraz jako efekt importu inflacji z zagranicy w postaci cen dóbr i usług konsumpcyjnych lub produkcyjnych. Powoduje to, że poziom/wartość poszczególnych kategorii finansowych w okresie sprawozdawczym (patrz: analiza porównawcza w czasie) nie będzie porównywalny z ich poziomem z wcześniejszych okresów. Dlatego też dla wyeliminowania tego czynnika zakłócającego należy sprowadzić wielkości z okresu sprawozdawczego do poziomu cen z okresów poprzednich. Można to osiągnąć poprzez podzielenie wartości z okresu sprawozdawczego przez współczynnik, który uwzględnia wzrost cen w badanym przedziale czasowym w stosunku do odpowiednich okresów wcześniejszych. Informacje o aktualnych i historycznych poziomach inflacji można uzyskać w Głównym Urzędzie Statystycznym.

Zakłócenia organizacyjne są wynikiem różnych procesów zachodzących w przedsiębiorstwie takich jak: podział, sprzedaż, łączenie, prywatyzacja całości lub części majątku. Z powodu tych działań niektóre wielkości kategorii ekonomicznych stają się nieporównywalne ze względu na znaczny spadek lub wzrost wartości. Dlatego też, gdy chcemy porównać wcześniejsze wyniki przedsiębiorstwa, które później uległo fuzji z innym podmiotem gospodarczym, powinniśmy zsumować wartość porównywanych kategorii osiąganych przez te jednostki z okresów, gdy funkcjonowały jeszcze jako dwa odrębne przedsiębiorstwa.

W obrębie zakłóceń metodologicznych można wyróżnić dwa rodzaje: stałe i okresowe. Pierwsze z nich wynikają z różnej pojemności informacyjnej wskaźników finansowych, które często występują pod takimi samymi lub zbliżonymi nazwami. Nie ma bowiem jasnych regulacji dotyczących konstrukcji wskaźników, dlatego też w ich skład mogą wchodzić różne kategorie finansowe. Drugi rodzaj wynika ze zmian w ogólnie obowiązujących zasadach sporządzania oraz ewidencji sprawozdań finansowych. Takie zmiany pociągają za sobą zróżnicowanie w pojemności informacyjnej określonych kategorii finansowych. Prowadzi to do tego, że pod tą samą nazwą kryją się: różny, mniejszy lub większy zakres informacji, a czasami tworzą się kolejne kategorie finansowe, których do tej pory nie stosowano. Aby móc porównać poszczególne kategorie należy ich pojemności informacyjne skorygować w taki sposób, by prezentowały ten sam poziom informacyjny.

Ostatnia kategoria zakłóceń to zakłócenia przedmiotowe. Pojawiają się one wówczas, gdy przedsiębiorstwo w sposób radykalny dokonuje zmiany profilu działalności np. z przedsiębiorstwa produkcyjnego na przedsiębiorstwo handlowe. Takie posunięcie powoduje, że porównanie poszczególnych kategorii finansowych staje się bardzo trudne. W takich przypadkach do rozwiązania tego problemu stosuje się, przy zachowaniu odpowiedniego stopnia wiarygodności, porównanie z jednostką prowadzącą taką samą działalność. Wtedy łatwo można ocenić, która ze stron - oceniana, czy będąca punktem odniesienia - jest bardziej korzystna.

Dopiero po usunięciu wszelkich zakłóceń wynik analizy porównawczej może stanowić bazę do analizy przyczynowej. Takie postępowanie w końcowym efekcie powinno przynieść całościowy obraz kondycji finansowej przedsiębiorstwa. Dodatkowym warunkiem jest to, że badane obszary muszą pozostawać w związku, gdyż przy spojrzeniu z szerszej perspektywy łatwiej jest zauważyć pewne nieprawidłowości, które mogą rzutować na finanse przedsiębiorstwa.

Równie ważnym elementem przy dokonywaniu oceny finansowej przedsiębiorstwa jest wiarygodność. Zależy ona w dużej mierze od umiejętnego wyeliminowania zakłóceń oraz dobrania odpowiedniego źródła informacji, które musi być zweryfikowane pod kątem rzetelności.